El Museo de las Momias de Guanajuato mantiene sus 59 piezas en excelente estado de conservación. Las adecuadas condiciones de iluminación, temperatura y humedad han sido aseguradas por el Gobierno Municipal de Guanajuato, quien ha descartado cualquier signo de alteración o deterioro en los cuerpos áridos del recinto, incluso tras los recientes procesos de readecuación museográfica llevados a cabo entre diciembre de 2023 y abril de 2024.
A raíz de algunos rumores sobre el supuesto desprendimiento del brazo de la pieza conocida como “El Apuñalado” durante el periodo de readecuación, las autoridades han aclarado que esto es completamente falso. «El Apuñalado«, una momia sepultada en 1940 y exhibida desde 1946, se mantiene intacta. Durante los cuatro meses de trabajos, se instalaron luces que irradian una iluminación cálida y las momias se colocaron en posición horizontal, permitiendo una mejor apreciación de los detalles de cada cuerpo.
El nuevo juego de sombras y tonalidades no solo mejora la visibilidad de las piezas, sino que también ofrece una ordenación espacial más eficiente. Esto facilita visitas más ágiles y cómodas, permitiendo a los visitantes disfrutar de mayor tiempo frente a las vitrinas y captar un mayor número de detalles. Actualmente, 59 momias se exhiben en el museo de sitio ubicado a un costado del panteón de Santa Paula, mientras que otras 34 están en el parador Sangre de Cristo. Además, 22 cuerpos se mantienen resguardados en el área de conservación.