Guanajuato cuenta con 32 Áreas Naturales Protegidas (ANP), que resguardan en su territorio flora y fauna importantes para la conservación del Medio Ambiente y que se resaltan por no ser alteradas de manera significativa por el ser humano.

Estas áreas se encuentran en 34 municipios del estado y cabe destacar que 23 son de competencia estatal, 3 federales y 6 municipales.

La entidad cuenta con el 13% de todas las especies de flora registradas a nivel nacional, por lo que su riqueza florística se considera moderadamente alta comparada con otros estados; de este número 28 especies son endémicas y dos se comparten con Querétaro y Michoacán.

Algunas de las Áreas Naturales Protegidas en Guanajuato son:

1. Cerro de Arandas: Es un refugio importante para aves residentes y migratorias, tal es el caso de la Mariposa Monarca.
2. Cerro del Cubilete:Un punto importante para el turismo en el estado tiene una altura de aproximadamente 2,700 metros sobre el nivel del mar y resguarda uno de los templos religiosos más importantes de Mé
3. Cuenca de la Esperanza:En este sitio los visitantes pueden realizar actividades como observación de aves, caminatas, campismo, excursiones, días de campo, fotografía de paisaje y ciclismo de montaña, entre otras.
4. Lago-Cráter La Joya: Se trata de un cráter volcánico lleno de agua y que forma parte de los atractivos turísticos del Pueblo Mágico de Yuriria. Junto con la laguna de Yuriria, este cráter es hábitat deaves migratorias.
5. Laguna de Yuriria: También en el Pueblo Mágico tiene la función de mantener los niveles de humedad atmosférica y atenuar la presencia de temperaturas extremas.
6. Las Musas: Esta área resguarda recursos forestales, vida silvestre y zonas de aprovechamiento agrícola en combinación con actividades recreativas.
7. Presa La Purísima: Se trata de un cuerpo de agua que recibe los afluentes de los ríos Guanajuato, Chapín y la Trinidad. Además, esconde un tesoro turístico en su interior, en Templo de la Virgen de los Dolores.
8. Región Volcánica Siete Luminarias:Es una región rica biológicamente, cuenta con 32 especies de flora y 114 especies de fauna, de las cuales 6 son peces, 2 anfibios, 6 reptiles, 82 aves y 18 mamí
9. Sierra de Pénjamo:Una región con amplia riqueza biológica conformada por suelos, arroyos y cuerpos de agua. Está conformada por lomeríos volcánicos, una depresión de depósitos perennes y las elevaciones más altas de la región.
10. Sierra Gorda de Guanajuato: Esta zona ocupa el 8.92% del territorio estatal y cuenta con el mayor grado de conservación de la diversidad en el estado.